Функциональная структура организации ОАО «ФСК ЕЭС» по состоянию на конец 2012 года включала:

• — Исполнительный аппарат (г. Москва);
• — 8 филиалов «Магистральные электрические сети» (МЭС);
• — 41 филиал «Предприятия магистральных электрических сетей» (ПМЭС);
• — 1 филиал «Специализированная производственная база «Белый Раст»;
• — 1 филиал «Центр технического надзора».

Центр технического надзора создан в конце 2012 года для осуществления независимого технического надзора на объектах электросетевого хозяйства.

По состоянию на 31 декабря 2012 года ОАО «ФСК ЕЭС» имеет 22 дочерних и зависимых общества, которые работают в различных сферах деятельности, в том числе обеспечивают функционирование электросетевого хозяйства. Дочерние общества ОАО «Томские магистральные сети» и ОАО «Кубанские магистральные сети» являются магистральными сетевыми компаниями.